SkatteFUNN er det klart største og dyreste enkelttiltaket i virkemiddelporteføljen for å øke norske bedrifters FoU-innsats. Det gir bedriftene rett til fradrag i skatt tilsvarende 20 (små og mellomstore bedrifter, SMB) eller 18 prosent (andre bedrifter) av godkjent FoU-utgift innenfor fastsatte maksimumsrammer per bedrift per år. Dersom bedriften ikke er i skatteposisjon, blir tilsvarende beløp utbetalt kontant. Ordningen ble innført i 2002 og virket uendret til 2006 da det etter en evaluering av økonomistyringen i ordningen ble innført tak på timesatsen per arbeidstime og antall arbeidstimer per år. I tiltakspakken i 2009 mot finanskrisen ble rammene for maksimum støttebeløp utvidet. Maksimum støttebeløp ble i 2014 og 2015 ytterligere hevet betydelig, jf. tabellen.
Provenytapet som følge av ordningen gikk ned blant annet som følge av innstramningene i 2006, men har deretter hatt jevn vekst fram til 2013. For 2014 og 2015 forventes provenytapet å øke dramatisk, i høy grad som følge av utvidelsene i 2014 og 2015, jf. figur.
SkatteFUNN ble evaluert i 2006 og 2008. Regjeringen sier i budsjettproposisjonen for 2015 at den ønsker å få vurdert utvidelsene i 2009, 2014 og 2015 gjennom en ny, ekstern evaluering. Den skal se på om «den økte støtten har hatt en utløsende effekt på FoU og innovasjon» og på «hvordan ordningen best kan innrettes for å stimulere til ny, samfunnsøkonomisk lønnsom FoU i næringslivet».
Forskningsrådet melder at det i 2014 var mer enn 4800 aktive SkatteFUNN-prosjekter, over 800 flere enn i 2013. Det budsjetterte provenytapet for 2014 er 2,7 mrd. kr, men erfaringer viser at faktisk provenytap blir betydelig lavere. I 2013 var budsjettert provenytap ca. 2,2 mrd. kr, mens det faktiske tallet ble 1,56 mrd. kr.
