Forskning, høyere utdanning og innovasjon sto sentralt i Produktivitetskommisjonens andre rapport som ble lagt fram i februar 2016. Kommisjonen mente at kvaliteten på norsk forskning er gjennomgående svakere enn den bør være og at sider ved det norske forskningsfinansieringssystemet er en del av problemet. I revidert nasjonalbudsjett (RNB) for 2016 (Meld. St. nr. 2 (2015-2016)) følger regjeringen opp kommisjonens rapport og gjengir kommisjonens kritikk slik: «norsk forskningspolitikk er kjennetegnet ved mange gode intensjoner konkretisert som øremerking av de offentlige forskningsbudsjettene til tematiske satsingsområder, i stedet for å fastholde vitenskapelig kvalitet som en grunnleggende forskningspolitisk målsetting».
Den konkrete oppfølgingen av dette punktet i rapporten består i en «områdegjennomgang av systemet for tildeling av offentlige forskningsmidler under Norges forskningsråd». Regjeringen peker på at «[d]e positive effektene av langtidsplanen vil være avhengig av at Forskningsrådet effektivt kanaliserer ressurser til forskning av høy vitenskapelig kvalitet på de prioriterte områdene, og at tildelingen er effektiv». Gjennom områdegjennomgangen, som skal foretas av en ekspertgruppe, skal det legges fram «forslag til endringer som bedrer effektiviteten i bevilgningssystemet, både gjennom økt kvalitet på de tildelte prosjektene og gjennom redusert ressursbruk i søknadsprosessen og i prosjekthåndteringen». I skrivende stund foreligger ikke ekspertgruppens endelige mandat, og den vil etter sigende bli oppnevnt først tett opp mot sommerferien. Men det foreligger informasjon som tyder på at endringene for bedre kvalitet kan bli så omfattende som flytting eller omdisponering av 1 mrd. kr og at mer effektiv ressursbruk skal innebære en reduksjon i rådets administrasjonskostnader med minst 10 prosent.
Norges forskningsråd uttalte seg svært kritisk til kommisjonens analyser og anbefalinger angående forskningskvalitet og Forskningsrådet. RNB gjengir rådets kritikk slik: «Forskningsrådet mener kommisjonen har et for begrenset forskningspolitisk perspektiv, at kommisjonen undervurderer kvalitetshensynet i rådets tildelinger og er uenig i kommisjonens analyse av instituttsektoren.»